A Uergs obteve aprovação para ofertar dois mestrados profissionais: de Ciência e Tecnologia de Alimentos, na unidade em Encantado, e de Formação Docente para Ciências, Tecnologias, Engenharias e Matemática, na unidade em Guaíba. Atualmente, a Uergs oferece dois mestrados, em Educação (Osório) e em Ambiente e Sustentabilidade (São Francisco de Paula).